2019 Solved Old Paper (BOT - 304D) New OK

Cosmids:-
> It is first described by Collins and Hohn in 1978.
> It is formed by joining ends of a linearized plasmid DNA with cos-site of lambda DNA.
> It is the commonly used cloning vector suitable for cloning large DNA fragments upto 45 kbp.
> Cosmid has an origin of replication, selectable markers, and gene cloning sites of plasmid DNA.
Salient features:-
i. Cosmid is a circular ds DNA.
ii. It has two complementary single-stranded regions at both ends of a plasmid DNA. The two cos-ends form a duplex by base pairing.
iii. The cosmid DNA does not code for phage proteins and host cell lysis.
iv. It does not involve in multiplication of phage particles.
v. It has an origin of replication from plasmid DNA for independent replication.
vi. It has selectable marker genes and gene cloning sites of plasmid DNA
vii. The cosmid DNA is packed within protein coat of bacteriophage to form inactive phage particles. Cos-site is a prerequsites for invitro packaging of cosmid in phage protein coat.
viii. After infection, the cosmid DNA does not integrate into host chromosomal DNA. It exits as a definite extra chromosomal DNA and replicates independently.
कॉस्मिड:-
इसका सर्वप्रथम वर्णन कोलिन्स और होन ने 1978 में किया था।
इसका निर्माण रेखीयकृत प्लास्मिड डीएनए के सिरों को लैम्डा डीएनए के कोस-साइट से जोड़कर किया जाता है।
यह आमतौर पर इस्तेमाल होने वाला क्लोनिंग वेक्टर है जो 45 केबीपी तक के बड़े डीएनए खंडों की क्लोनिंग के लिए उपयुक्त है।
कॉस्मिड में प्रतिकृति का उद्गम स्थल, चयन योग्य मार्कर और प्लास्मिड डीएनए के जीन क्लोनिंग स्थल होते हैं।
प्रमुख विशेषताएं:-
i. कॉस्मिड एक वृत्ताकार डीएस डीएनए है।
ii. इसमें प्लास्मिड डीएनए के दोनों सिरों पर दो पूरक एकल-अण्डाकार क्षेत्र होते हैं। दोनों सह-छोर क्षार युग्मन द्वारा एक द्विभुज बनाते हैं।
iii. कॉस्मिड डीएनए, फ़ेज प्रोटीन और मेजबान कोशिका के विघटन के लिए कोड नहीं करता है।
iv. इसमें फ़ेज कणों का गुणन शामिल नहीं होता है।
v. इसमें स्वतंत्र प्रतिकृति के लिए प्लास्मिड डीएनए से प्रतिकृति का उद्गम होता है।
vi. इसमें चयन योग्य मार्कर जीन और प्लास्मिड डीएनए के जीन क्लोनिंग स्थल होते हैं।
vii. कॉस्मिड डीएनए को जीवाणुभेज के प्रोटीन आवरण के भीतर पैक करके निष्क्रिय फ़ेज कण बनाए जाते हैं। कॉस्मिड को फ़ेज प्रोटीन आवरण में इन विट्रो पैकेजिंग के लिए कॉस-साइट एक पूर्वापेक्षा है।
viii. संक्रमण के बाद, कॉस्मिड डीएनए मेजबान गुणसूत्र डीएनए में एकीकृत नहीं होता है। यह एक निश्चित अतिरिक्त गुणसूत्र डीएनए के रूप में मौजूद रहता है और स्वतंत्र रूप से प्रतिकृति करता है।
Plasmids:-
In 1952, the term plasmid was introduced by Joshua Lederberg, the American molecular biologist to refer to “any extrachromosomal hereditary determinant”.
> A plasmid is a small, extrachromosomal DNA molecule within a cell that is physically separated from chromosomal DNA and can replicate independently.
Characteristics of ideal plasmid vectors:-
i. Size:- Plasmid must be small in size. The small is helpful for easy uptake of cDNA by host cells and for the isolation of plasmid without damage. Ideal vector should be less than or equal to 10kb. The small size is essential for easy introduction in cell by transformation, transduction and electroporation.
ii. Copy number:- The plasmid must be present in multiple copies.
iii. Genetic markers:- Plasmid must have one or few genetic markers. These markers help us for the selection of organism that has recombinant DNA
iv. Origin of replication:- The plasmid must have its own orogin of replication and regulatory genes for the self-replication.
v. Unique restriction sites:- The plasmid must have unique restriction sites common restriction enzymes in use.
vi. Multiple cloning sites:- This property permits the insertion of gene of interest and plasmid recircularization.
vii. Insertional inactivation:- The plasmid must have unique sites for restriction enzymes in marker genes. This will help us for the selection of recombination by insertional inactivation method.
viii. Pathogenicity:- The plasmid should not have any pathogenic property.
ix. Should not be transferred by conjugation:- This property of vector molecule prevents recombinant DNA to escape to natural population of bacteria.
x. Selectable make gene:- Vector molecules should have some detectable traits. These traits enable the
transformed cells to be identified among the non-transformed ones. eg. antibiotic resistance gene.
प्लास्मिड:-
1952  में, अमेरिकी आणविक जीवविज्ञानी जोशुआ लेडरबर्ग द्वारा "किसी भी बाह्य गुणसूत्रीय आनुवंशिक निर्धारक" को संदर्भित करने के लिए प्लास्मिड शब्द का प्रयोग किया गया था।
प्लास्मिड कोशिका के भीतर स्थित एक छोटा, बाह्य गुणसूत्रीय डीएनए अणु होता है जो गुणसूत्रीय डीएनए से भौतिक रूप से अलग होता है और स्वतंत्र रूप से प्रतिकृति कर सकता है।
आदर्श प्लास्मिड वेक्टर की विशेषताएं:-
i. आकार:-  प्लास्मिड का आकार छोटा होना चाहिए। छोटा आकार मेजबान कोशिकाओं द्वारा सीडीएनए के आसान अवशोषण और प्लास्मिड को बिना क्षति पहुंचाए अलग करने में सहायक होता है। आदर्श वेक्टर 10 किलोबाइट या उससे कम का होना चाहिए। कोशिकाओं में रूपांतरण, स्थानांतरण और इलेक्ट्रोपोरेशन द्वारा आसानी से प्रवेश के लिए छोटा आकार आवश्यक है।
ii. प्रतियों की संख्या:-  प्लास्मिड कई प्रतियों में मौजूद होना चाहिए।
iii. आनुवंशिक चिह्न:-  प्लास्मिड में एक या कुछ आनुवंशिक चिह्न होने चाहिए। ये चिह्न हमें पुनर्संयोजित डीएनए वाले जीव के चयन में सहायता करते हैं।
iv. प्रतिकृति का उद्गम:-  प्लास्मिड में स्वयं की प्रतिकृति का उद्गम और स्व-प्रतिकृति के लिए विनियामक जीन होने चाहिए।
v. विशिष्ट प्रतिबंध स्थल:-  प्लास्मिड में विशिष्ट प्रतिबंध स्थल होने चाहिए जो सामान्य रूप से उपयोग में आने वाले प्रतिबंध एंजाइमों से संबंधित हों।
vi. एकाधिक क्लोनिंग स्थल:-  यह गुण रुचि के जीन के सम्मिलन और प्लास्मिड के पुनर्चक्रण की अनुमति देता है।
vii. सम्मिलन द्वारा निष्क्रियकरण:-  मार्कर जीनों में प्रतिबंध एंजाइमों के लिए प्लास्मिड में विशिष्ट स्थल होने चाहिए। इससे हमें सम्मिलन द्वारा निष्क्रियकरण विधि द्वारा पुनर्संयोजन के चयन में सहायता मिलेगी।
viii. रोगजनकता:-  प्लास्मिड में कोई रोगजनक गुण नहीं होना चाहिए।
ix. संयुग्मन द्वारा स्थानांतरित नहीं किया जाना चाहिए:-  वेक्टर अणु का यह गुण पुनर्संयोजित डीएनए को बैक्टीरिया की प्राकृतिक आबादी में फैलने से रोकता है।
x. चयन योग्य जीन:-  वेक्टर अणुओं में कुछ पहचानने योग्य लक्षण होने चाहिए। ये लक्षण सक्षम बनाते हैं
रूपांतरित कोशिकाओं को अपरिवर्तित कोशिकाओं से अलग पहचानना। उदाहरण के लिए, एंटीबायोटिक प्रतिरोध जीन।

Protoplast (प्रोटोप्लास्ट):- It is a plant cell whose cell wall has been removed, leaving only the plasma membrane.
(यह एक पादप कोशिका है जिसकी कोशिका भित्ति हटा दी गई है, जिससे केवल प्लाज्मा झिल्ली शेष रह जाती है।)
> It is isolated by treating plant tissues with cellulase and pectinase enzymes.
(इसे पादप ऊतकों को सेल्युलेज और पेक्टिनेज एंजाइमों से उपचारित करके पृथक किया जाता है।)
> Protoplasts can regenerate the cell wall, divide and form a complete plant (totipotency).
[प्रोटोप्लास्ट कोशिका भित्ति का पुनर्जनन कर सकते हैं, विभाजित हो सकते हैं और एक पूर्ण पादप का निर्माण कर सकते हैं (पूर्ण क्षमता)।]
> They are used in somatic hybridization by fusion of protoplasts of different species.
(विभिन्न प्रजातियों के प्रोटोप्लास्ट के संलयन द्वारा इनका उपयोग कायिक संकरण में किया जाता है।)
> Protoplasts are important tools in genetic engineering and plant biotechnology.
(प्रोटोप्लास्ट आनुवंशिक अभियांत्रिकी और पादप जैव प्रौद्योगिकी में महत्वपूर्ण उपकरण हैं।)
Crown Gall Disease (क्राउन गॉल रोग):-
Causal Organism (रोगजनक):- Crown gall disease is caused by the bacterium Agrobacterium tumefaciens.
(क्राउन गॉल रोग एग्रोबैक्टीरियम ट्यूमेफेशियंस नामक जीवाणु के कारण होता है।)
Affected Plants (प्रभावित पौधे):- Rose, Grapevine, Apple, Peach, Many dicot ornamental and fruit crops.
(गुलाब, अंगूर, सेब, आड़ू, कई द्विबीजपत्री सजावटी और फलदार फसलें।)
Symptoms (लक्षण):-
> Tumor-like galls at crown region (junction of root & stem)
[जड़ और तने के जोड़ (क्राउन क्षेत्र) पर ट्यूमर जैसी गांठें बन जाती हैं।]
> Galls may also form on roots and stems
(जड़ों और तनों पर भी गांठें बन सकती हैं।)
> Young galls are soft and white
(नई गांठें मुलायम और सफेद होती हैं।)
> Older galls become hard, brown, and woody
(पुरानी गांठें सख्त, भूरी और लकड़ी जैसी हो जाती हैं।)
> Stunted growth and reduced yield
(विकास में रुकावट और उपज में कमी।)
Mode of Infection (संक्रमण का तरीका):-
> Bacteria enter through wounds (caused by pruning, insects, or cultivation).
[जीवाणु घावों (छंटाई, कीटों या खेती के कारण) के माध्यम से प्रवेश करते हैं।]
> The bacterium transfers a part of its Ti plasmid (T-DNA) into plant cells.
[जीवाणु अपने Ti प्लास्मिड (T-DNA) का एक हिस्सा पौधे की कोशिकाओं में स्थानांतरित कर देता है।]
> T-DNA integrates into plant genome → uncontrolled cell division → gall formation.
(T-DNA पौधे के जीनोम में एकीकृत हो जाता है → अनियंत्रित कोशिका विभाजन → गांठों का निर्माण।)

1. YAC (Yeast Artificial Chromosome):-
> It was first described in 1983 by Murray and Szostak.
> These are artificially constructed vectors. The system can undergo replication and has the capability to insert foreign DNA sequences.
> Components such as the autonomously replication system (ARS), centromere and telomeres are taken from the yeast Saccharomyces cerevisiae for the construction of vectors.
> The desired gene sequence can be inserted into these vectors and then put back into yeast; the yeast machinery cannot differentiate between their own and foreign genes; hence the foreign gene is also replicated.
Features:-
- YAC vectors are DNA constructs that are used for cloning DNA in yeasts.
- The amount of DNA that can be cloned into a YAC is, on average, from 200 to 500 kb. However, as much as 1 Mb can be cloned into a YAC.
- They often show chimerism. It contain DNA in a single clone from different locations in the genome. It is a problem encountered in constructing and using YAC libraries is that they typically contain clones that are chimeric.
- It is linear.
- Yeast machinery has post-translational mechanisms that are useful in the expression of eukaryotic proteins.
- Only one vector occurs per yeast cell.
- Less stable.
- The efficiency of cloning is low (about 1000 clones are obtained per microgram of vector and insert DNA).
Advantage:- Many sequences that are unstable, underrepresented, or absent when cloned into prokaryotic systems, remain stable and intact in YAC clones.
Disadvantage:- There are chances of gene deletion and gene recombination or inversion in the inserted gene sequence.
- Applicable in gene mapping and chromosome walking.

2. BAC (Bacterial Artificial Chromosome):-
> It was first developed by Shizuya in 1992.
> These are DNA constructs that are used for transformation and cloning in bacterial cells, mostly E.coli. Functional fertility plasmids or F-plasmids are used for the vector construction.
> The gene components included are rep6 for plasmid regulation, a selectable marker for antibiotic resistance, parA and parB for F-plasmid DNA, and T7 and Sp6 for transcription of inserted genes.
Features:-
- BAC vectors are DNA constructs that are used for cloning DNA in bacteria.
- These are simple plasmid which is designed to clone very large DNA fragments ranging in size from 75 to 300 kb.
- No chimerism seen.
- It is circular.
- Bacterial machinery does not have post-translational mechanism, hence the expression of eukaryotic proteins becomes difficult.
- 1-2 vectors are found per bacterial cell.
- More stable.
Avantage:- The generation of BACs is quicker and more efficient, and also, it gives a better chromosome coverage map. Hence, today, BAC is preferred over YAC because they are more efficient.
- Applicable in modelling genetic diseases and human genome project.
1. YAC (यीस्ट आर्टिफिशियल क्रोमोसोम):-
इसका सर्वप्रथम वर्णन 1983 में मरे और स्ज़ोस्टैक द्वारा किया गया था।
ये कृत्रिम रूप से निर्मित वेक्टर हैं। यह प्रणाली प्रतिकृति कर सकती है और इसमें बाहरी डीएनए अनुक्रमों को सम्मिलित करने की क्षमता है।
> सैकरोमाइसिस सेरेविसी नामक यीस्ट से स्वतः प्रतिकृति प्रणाली (एआरएस), सेंट्रोमियर और टेलोमियर जैसे घटक लेकर वैक्टर बनाए जाते हैं।
> वांछित जीन अनुक्रम को इन वैक्टरों में डाला जा सकता है और फिर वापस यीस्ट में डाल दिया जाता है; यीस्ट की कार्यप्रणाली अपने और बाहरी जीनों में अंतर नहीं कर पाती; इसलिए बाहरी जीन की भी प्रतिकृति हो जाती है।
विशेषताएँ:-
- YAC वेक्टर डीएनए संरचनाएं हैं जिनका उपयोग यीस्ट में डीएनए की क्लोनिंग के लिए किया जाता है।
वाईएसी में क्लोन किए जा सकने वाले डीएनए की मात्रा औसतन 200 से 500 किलोबाइट तक होती है। हालांकि, वाईएसी में 1 मेगाबाइट तक डीएनए क्लोन किया जा सकता है।
- इनमें अक्सर काइमेरिज्म पाया जाता है। इसमें जीनोम के विभिन्न स्थानों से डीएनए एक ही क्लोन में मौजूद होता है। वाईएसी लाइब्रेरी के निर्माण और उपयोग में आने वाली एक समस्या यह है कि इनमें आमतौर पर काइमेरिक क्लोन होते हैं।
- यह रैखिक है।
- यीस्ट तंत्र में ऐसे पोस्ट-ट्रांसलेशनल तंत्र होते हैं जो यूकेरियोटिक प्रोटीन की अभिव्यक्ति में उपयोगी होते हैं।
- खमीर की प्रत्येक कोशिका में केवल एक ही वाहक पाया जाता है।
- कम स्थिर।
- क्लोनिंग की दक्षता कम है (वेक्टर और इंसर्ट डीएनए के प्रति माइक्रोग्राम लगभग 1000 क्लोन प्राप्त होते हैं)।
-  लाभ:-  कई अनुक्रम जो प्रोकैरियोटिक प्रणालियों में क्लोन किए जाने पर अस्थिर, कम प्रतिनिधित्व वाले या अनुपस्थित होते हैं, वे YAC क्लोन में स्थिर और अक्षुण्ण रहते हैं।
-  हानि:-  सम्मिलित जीन अनुक्रम में जीन विलोपन और जीन पुनर्संयोजन या व्युत्क्रमण की संभावना होती है।
- जीन मैपिंग और क्रोमोसोम वॉकिंग में उपयोगी।

2. BAC (बैक्टीरियल आर्टिफिशियल क्रोमोसोम):-
इसे सर्वप्रथम शिजुया ने 1992 में विकसित किया था।
ये डीएनए संरचनाएं हैं जिनका उपयोग जीवाणु कोशिकाओं, मुख्यतः ई. कोलाई में रूपांतरण और क्लोनिंग के लिए किया जाता है। कार्यात्मक उर्वरता प्लास्मिड या एफ-प्लास्मिड का उपयोग वेक्टर निर्माण के लिए किया जाता है।
इसमें शामिल जीन घटकों में प्लास्मिड विनियमन के लिए rep6, एंटीबायोटिक प्रतिरोध के लिए एक चयन योग्य मार्कर, F-प्लास्मिड डीएनए के लिए parA और parB, और सम्मिलित जीनों के प्रतिलेखन के लिए T7 और Sp6 शामिल हैं।
विशेषताएँ:-
- बीएसी वेक्टर डीएनए संरचनाएं हैं जिनका उपयोग बैक्टीरिया में डीएनए की क्लोनिंग के लिए किया जाता है।
- ये सरल प्लास्मिड हैं जिन्हें 75 से 300 केबी आकार के बहुत बड़े डीएनए खंडों को क्लोन करने के लिए डिज़ाइन किया गया है।
- कोई काइमेरिज्म नहीं देखा गया।
- यह गोलाकार है।
- जीवाणु तंत्र में पोस्ट-ट्रांसलेशनल तंत्र नहीं होता है, इसलिए यूकेरियोटिक प्रोटीन की अभिव्यक्ति मुश्किल हो जाती है।
प्रत्येक जीवाणु कोशिका में 1-2 वाहक पाए जाते हैं।
- और अधिक स्थिर।
लाभ  :-  बीएसी का निर्माण तेज़ और अधिक कुशल है, और साथ ही, यह बेहतर गुणसूत्र कवरेज मानचित्र प्रदान करता है। इसलिए, आज बीएसी को वाईएसी पर प्राथमिकता दी जाती है क्योंकि वे अधिक कुशल हैं।
- आनुवंशिक रोगों के मॉडलिंग और मानव जीनोम परियोजना में लागू।
1. BAC (Bacterial Artificial Chromosome):-
> It was first developed by Shizuya in 1992.
> These are DNA constructs that are used for transformation and cloning in bacterial cells, mostly E.coli. Functional fertility plasmids or F-plasmids are used for the vector construction.
> The gene components included are rep6 for plasmid regulation, a selectable marker for antibiotic resistance, parA and parB for F-plasmid DNA, and T7 and Sp6 for transcription of inserted genes.
Features:-
- BAC vectors are DNA constructs that are used for cloning DNA in bacteria.
- These are simple plasmid which is designed to clone very large DNA fragments ranging in size from 75 to 300 kb.
- No chimerism seen.
- It is circular.
- Bacterial machinery does not have post-translational mechanism, hence the expression of eukaryotic proteins becomes difficult.
- 1-2 vectors are found per bacterial cell.
- More stable.
Avantage:- The generation of BACs is quicker and more efficient, and also, it gives a better chromosome coverage map. Hence, today, BAC is preferred over YAC because they are more efficient.
- Applicable in modelling genetic diseases and human genome project.

2. HAC (Human Artificial Chromosome):-
> It is first described by Harrington (1997).
> It synthesized by combining portions of alpha satellite DNA with telomeric DNA and genomic DNA into linear micro chromosomes.
> HACs are microchromosomes that can act as a new chromosome in a population of human cells. It means instead of 46 chromosomes, the cell could have 47 chromosomes with the 47th being very small,
and able to carry new genes introduced by human researchers.
> HACs range in size from 6 to 10 Mb that carry new genes introduced by human researchers.
> HACs can be used as vectors in transfer of new genes, studying their expression and mammalian chromosomal function can also be elucidated using these microchrosomes in mammalian system.
> Human artificial chromosomes are extrachromosomal DNA fragments that act as a new chromosome within the human cell.
> The use of human artificial chromosomes has increased with advances in genetic engineering as it helps overcome problems commonly associated with traditional vector systems.
> HACs can exist as single copy episomes without integration into the host chromosomes allowing long-term stable maintenance.
> Besides, there is no upper limit in the size of the DNA insert to be incorporated into a HAC as entire genomic units can be used to mimic the natural gene expression.
> In spite of numerous advantages, HACs have only been used for studies related to the structure and function of human kinetochores.
> Limitations associated with HACs are due to technical difficulties during gene loading and ill-defined structures of the vectors.
1. BAC (बैक्टीरियल आर्टिफिशियल क्रोमोसोम):-
इसे सर्वप्रथम शिजुया ने 1992 में विकसित किया था।
ये डीएनए संरचनाएं हैं जिनका उपयोग जीवाणु कोशिकाओं, मुख्यतः ई. कोलाई में रूपांतरण और क्लोनिंग के लिए किया जाता है। कार्यात्मक उर्वरता प्लास्मिड या एफ-प्लास्मिड का उपयोग वेक्टर निर्माण के लिए किया जाता है।
इसमें शामिल जीन घटकों में प्लास्मिड विनियमन के लिए rep6, एंटीबायोटिक प्रतिरोध के लिए एक चयन योग्य मार्कर, F-प्लास्मिड डीएनए के लिए parA और parB, और सम्मिलित जीनों के प्रतिलेखन के लिए T7 और Sp6 शामिल हैं।
विशेषताएँ:-
- बीएसी वेक्टर डीएनए संरचनाएं हैं जिनका उपयोग बैक्टीरिया में डीएनए की क्लोनिंग के लिए किया जाता है।
- ये सरल प्लास्मिड हैं जिन्हें 75 से 300 केबी आकार के बहुत बड़े डीएनए खंडों को क्लोन करने के लिए डिज़ाइन किया गया है।
- कोई काइमेरिज्म नहीं देखा गया।
- यह गोलाकार है।
- जीवाणु तंत्र में पोस्ट-ट्रांसलेशनल तंत्र नहीं होता है, इसलिए यूकेरियोटिक प्रोटीन की अभिव्यक्ति मुश्किल हो जाती है।
प्रत्येक जीवाणु कोशिका में 1-2 वाहक पाए जाते हैं।
- और अधिक स्थिर।
लाभ  :-  बीएसी का निर्माण तेज़ और अधिक कुशल है, और साथ ही, यह बेहतर गुणसूत्र कवरेज मानचित्र प्रदान करता है। इसलिए, आज बीएसी को वाईएसी पर प्राथमिकता दी जाती है क्योंकि वे अधिक कुशल हैं।
- आनुवंशिक रोगों के मॉडलिंग और मानव जीनोम परियोजना में लागू।

2. HAC (मानव कृत्रिम गुणसूत्र):-
इसका सर्वप्रथम वर्णन हैरिंगटन (1997) द्वारा किया गया था।
इसका संश्लेषण अल्फा सैटेलाइट डीएनए के कुछ हिस्सों को टेलोमेरिक डीएनए और जीनोमिक डीएनए के साथ मिलाकर रैखिक माइक्रोक्रोमोसोम में किया जाता है।
एचएसी सूक्ष्म गुणसूत्र होते हैं जो मानव कोशिकाओं के समूह में एक नए गुणसूत्र के रूप में कार्य कर सकते हैं। इसका अर्थ है कि 46 गुणसूत्रों के स्थान पर, कोशिका में 47 गुणसूत्र हो सकते हैं, जिनमें से 47वां गुणसूत्र बहुत छोटा होता है।
और मानव शोधकर्ताओं द्वारा डाले गए नए जीन को ले जाने में सक्षम।
एचएसी का आकार 6 से 10 एमबी तक होता है और इनमें मानव शोधकर्ताओं द्वारा डाले गए नए जीन होते हैं।
एचएसी का उपयोग नए जीनों के स्थानांतरण में वाहक के रूप में किया जा सकता है, उनकी अभिव्यक्ति का अध्ययन किया जा सकता है और स्तनधारी प्रणाली में इन माइक्रोक्रोसोम का उपयोग करके स्तनधारी गुणसूत्रीय कार्य को भी स्पष्ट किया जा सकता है।
मानव कृत्रिम गुणसूत्र, गुणसूत्र के बाहर पाए जाने वाले डीएनए के खंड होते हैं जो मानव कोशिका के भीतर एक नए गुणसूत्र के रूप में कार्य करते हैं।
आनुवंशिक अभियांत्रिकी में हुई प्रगति के साथ मानव कृत्रिम गुणसूत्रों का उपयोग बढ़ा है क्योंकि यह पारंपरिक वेक्टर प्रणालियों से जुड़ी सामान्य समस्याओं को दूर करने में मदद करता है।
> एचएसी मेजबान गुणसूत्रों में एकीकृत हुए बिना एकल प्रतिलिपि एपिसोम के रूप में मौजूद हो सकते हैं, जिससे दीर्घकालिक स्थिर रखरखाव संभव हो पाता है।
इसके अलावा, एचएसी में शामिल किए जाने वाले डीएनए इंसर्ट के आकार की कोई ऊपरी सीमा नहीं है क्योंकि प्राकृतिक जीन अभिव्यक्ति की नकल करने के लिए संपूर्ण जीनोमिक इकाइयों का उपयोग किया जा सकता है।
अनेक लाभों के बावजूद, एचएसी का उपयोग केवल मानव काइनेटोकोर की संरचना और कार्य से संबंधित अध्ययनों के लिए किया गया है।
एचएसी से जुड़ी सीमाएं जीन लोडिंग के दौरान तकनीकी कठिनाइयों और वैक्टर की अस्पष्ट संरचनाओं के कारण होती हैं।

Direct Gene Transfer:- When stable transformation is achieved by incorporating the desired gene into the genome of plant cells without the help of any biological factor, it is called direct gene transfer.

1. Gene gun method:-

It is a physical method of gene transfer.

It is also called Biolistic method.

> In this, tungsten or gold particles of 1-2µm diameter are coated with DNA and fired them into the cell by a particle gun.

>  Gold is expensive, but it is less harmful to cells.

> The cost of a particle gun is almost 15 lakhs.

> The particles are accelerated by compressed helium gas in the particle gun.

> DNA reaches inside the nucleus and becomes incorporated into the plant's genome.

> By this method, the gene is transferred to the meristem and embryo.

2. PEG mediated Gene Transfer:-

It is a chemical method of gene transfer.

> In this method gene transfer is induced by PEG. (PEG = Poly Ethylene Glycol)

Transformation medium is added in a beaker that has a high concentration of Mg2 + ions.

> Now plant protoplasts are put into this nutritive medium.

> Now put the desired gene in the beaker.

> Now take the pH to 8.

Now add 20% PEG.

> Now decrease the concentration of PEG and increase the concentration of Ca2+ ions.

> Now incubate for some time.

The transformation frequency increases 10 to 1000 times when plant protoplasts are transferred to ice after heat-shock at 45°C for 5 minutes just before adding DNA.

3. Electroporation:- Introduction of DNA into plant cells by making minute pores in the plant cell membrane is called as electroporation.

> This method involves suspension of plant protoplasts in a suitable ionic solution containing linearized recombinant plasmid DNA.

> This mixture is then exposed to low voltage-long pulses or high voltage short pulses for the desired number of cycles.

> The electrical pulses are thought to induce transient pores in the plasma lemma through which the DNA molecules are incorporated.

> Treated protoplasts are then cultured to obtain cell colonies and plants.

4. Microinjection:-

> It involving the mechanical insertion of the desirable DNA into a target cell.

> The target cell may be the one identified from intact cells, protoplasts, callus, embryos, meristems, etc.

> Microinjection is used for the transfer of cellular organelles and for the manipulation of chromosomes. > The technique of microinjection involves the transfer of the gene through a micropipette (0.5-10.0 pm tip) into the cytoplasm/nucleus of a plant cell or protoplast.

> While the gene transfer is done, the recipient cells are kept immobilized in agarose embedding, and held by a suction holding pipette. > As the process of microinjection is complete, the transformed cell is cultured and grown to develop into a transgenic plant.

> In fact, transgenic tobacco and Brassica napus have been developed by this approach.

> The major limitations of microinjection are that it is slow, expensive, and has to be performed by trained and skilled personnel.

प्रत्यक्ष  जीन  स्थानांतरण :-  जब किसी जैविक कारक की सहायता के बिना वांछित जीन को पादप कोशिकाओं के जीनोम में शामिल करके स्थायी रूपांतरण प्राप्त किया जाता है, तो इसे प्रत्यक्ष जीन स्थानांतरण कहा जाता है।

1.  जीन गन विधि :-

यह  जीन स्थानांतरण की एक भौतिक विधि है।

इसे  बायोलिस्टिक विधि भी कहा जाता है।

इसमें , 1-2 माइक्रोमीटर व्यास वाले टंगस्टन या सोने के कणों को डीएनए से लेपित किया जाता है और एक पार्टिकल गन द्वारा उन्हें कोशिका में दागा जाता है । 

सोना महंगा है, लेकिन यह कोशिकाओं के लिए कम हानिकारक है।  

पार्टिकल गन की कीमत लगभग 15 लाख रुपये है

पार्टिकल गन में संपीड़ित हीलियम गैस द्वारा कणों को त्वरित किया जाता है

डीएनए केंद्रक के अंदर पहुँच जाता है और पौधे के जीनोम में शामिल हो जाता है।

इस विधि द्वारा जीन को मेरिस्टेम और भ्रूण में स्थानांतरित किया जाता है  

2. पीईजी मध्यस्थता द्वारा जीन स्थानांतरण:-    

यह  जीन स्थानांतरण की एक रासायनिक विधि है।

इस विधि में जीन स्थानांतरण को पीईजी PEG = पॉली एथिलीन ग्लाइकॉल) द्वारा प्रेरित किया जाता है 

>  एक बीकर में, जिसमें Mg2+ आयनों की उच्च सांद्रता होती है, रूपांतरण माध्यम मिलाया जाता है।

अब पादप प्रोटोप्लास्ट को इस पोषक माध्यम में रखा जाता है।

अब वांछित जीन को बीकर में डालें।

अब pH को 8 तक ले जाएं।

अब  इसमें 20% पीईजी मिलाएं।

अब PEG की सांद्रता घटाएं और Ca2+ आयनों की सांद्रता बढ़ाएं।

अब इसे कुछ समय के लिए निष्क्रिय अवस्था में रखें।

जब पादप प्रोटोप्लास्ट को डीएनए डालने से ठीक पहले 5 मिनट के लिए 45°C पर हीट-शॉक देने के बाद बर्फ में स्थानांतरित किया जाता है, तो रूपांतरण आवृत्ति 10 से 1000 गुना तक बढ़ जाती है । 

3. इलेक्ट्रोपोरेशन:- पादप कोशिका झिल्ली में सूक्ष्म छिद्र बनाकर पादप कोशिकाओं में डीएनए का प्रवेश कराना इलेक्ट्रोपोरेशनकहलाता है

इस विधि में पादप प्रोटोप्लास्ट को रेखीयकृत युक्त उपयुक्त आयनिक विलयन में निलंबित करना शामिल है। पुनर्संयोजित प्लास्मिड डीएनए।

इसके बाद इस मिश्रण को वांछित संख्या में चक्रों के लिए कम वोल्टेज वाले लंबे पल्स या उच्च वोल्टेज वाले छोटे पल्स के संपर्क में लाया जाता है।

ऐसा माना जाता है कि विद्युत स्पंदन प्लाज्मा लेम्मा में क्षणिक छिद्र उत्पन्न करते हैं, जिनके माध्यम से डीएनए अणु समाहित हो जाते हैं।

उपचारित प्रोटोप्लास्ट को फिर संवर्धित करके कोशिका कॉलोनियां और पौधे प्राप्त किए जाते हैं।

4. माइक्रोइंजेक्शन:-

इसमें वांछित डीएनए को लक्षित कोशिका में यांत्रिक रूप से सम्मिलित करना शामिल है।

लक्षित कोशिका वह हो सकती है जिसे अक्षुण्ण कोशिकाओं, प्रोटोप्लास्ट, कैलस, भ्रूण, मेरिस्टेम आदि से पहचाना गया हो।

माइक्रोइंजेक्शन का उपयोग कोशिकीय अंगों के स्थानांतरण और गुणसूत्रों के हेरफेर के लिए किया जाता है। माइक्रोइंजेक्शन की तकनीक में माइक्रोपिपेट (0.5-10.0 pm) के माध्यम से जीन का स्थानांतरण शामिल है। किसी पादप कोशिका या प्रोटोप्लास्ट के कोशिका द्रव्य/नाभिक में (नोक के सिरे से)।

जीन स्थानांतरण के दौरान, प्राप्तकर्ता कोशिकाओं को एगारोज एम्बेडिंग में स्थिर रखा जाता है, और एक सक्शन होल्डिंग पिपेट द्वारा पकड़कर रखा जाता है। माइक्रोइंजेक्शन की प्रक्रिया पूरी होने के बाद, रूपांतरित कोशिका को संवर्धित किया जाता है और विकसित होने तक बढ़ाया जाता है। एक ट्रांसजेनिक पौधे में।

दरअसल, इसी पद्धति से ट्रांसजेनिक तंबाकू और ब्रासिका नैपस विकसित किए गए हैं।

माइक्रोइंजेक्शन की प्रमुख सीमाएं यह हैं कि यह धीमी, महंगी है और इसे प्रशिक्षित और कुशल कर्मियों द्वारा ही किया जाना चाहिए।


Restriction Endonuclease (RE):-
Nomenclature:- Restriction endonucleases are named according to the organism in which they were discovered, using a system of letters and numbers. 
For example, HindIII (pronounced “hindee-three”) was discovered in Haemophilus influenza (strain d). The Roman numerals are used to identify specific enzymes from bacteria that contain multiple restriction enzymes indicating the order in which restriction enzymes were discovered in a particular strain.
Classification of Restriction Endonucleases:- There are three major classes of restriction endonucleases based on the types of sequences recognized, the nature of the cut made in the DNA, and the enzyme structure -
a. Type I restriction enzymes
b. Type II restriction enzymes
c. Type III restriction enzymes
a. Type I restriction enzymes:-
> These enzymes have both restriction and modification activities. Restriction depends upon the methylation status of the target DNA.
> Cleavage occurs approximately 1000 bp away from the recognition site.
> The recognition site is asymmetrical and is composed of two specific portions in which one portion contain 3–4 nucleotides while another portion contain 4–5 nucleotides and both the parts are separated by a non-specific spacer of about 6–8 nucleotides.
> They require S-adenosylmethionine (SAM), ATP, and magnesium ions (Mg2+) for activity.
> These enzymes are composed of mainly three subunits, a specificity subunit that determines the DNA recognition site, a restriction subunit, and a modification subunit.
> Examples:- EcoB, EcoK
b. Type II restriction enzymes:-
> Restriction and modification are mediated by separate enzymes so it is possible to cleave DNA in the absence of modification. Although the two enzymes recognize the same target sequence, they can be purified separately from each other.
> Cleavage of nucleotide sequence occurs at the restriction site.
> These enzymes are used to recognize rotationally symmetrical sequence which is often referred as palindromic sequence.
> These palindromic binding site may either be interrupted (e.g. BstEII recognizes the sequence 5´-GGTNACC-3´, where N can be any nucleotide) or continuous (e.g. KpnI recognizes the sequence 5´-GGTACC-3´).
> They require only Mg2+ as a cofactor and ATP is not needed for their activity.
> Type II endonucleases are widely used for mapping and reconstructing DNA in vitro because they recognize specific sites and cleave just at these sites.
Examples:- EcoR I, BamH I
c. Type III restriction enzymes:-
> These enzymes recognize and methylate the same DNA sequence but cleave 24–26 bp away.
> They have two different subunits, in which one subunit (M) is responsible for recognition and modification of DNA sequence and other subunit (R) has nuclease action.
> Mg+2 ions, ATP are needed for DNA cleavage and process of cleavage is stimulated by SAM.
> Cleave only one strand. Two recognition sites in opposite orientation are necessary to break the DNA duplex.
Examples:- EcoP I, Hinf III
Applications:- In various applications related to genetic engineering DNA is cleaved by using these
restriction enzymes.
i. They are used in the process of insertion of genes into plasmid vectors during gene cloning and protein expression experiments.
ii. Restriction enzymes can also be used to distinguish gene alleles by specifically recognizing single base changes in DNA known as single nucleotide polymorphisms (SNPs). This is only possible if a mutation alters the restriction site present in the allele.
iii. Restriction enzymes are used for Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) analysis for identifying individuals or strains of a particular species.
प्रतिबंध एंडोन्यूक्लिएज़ (RE):-
नामकरण:-  प्रतिबंध एंडोन्यूक्लिएस का नाम उस जीव के अनुसार रखा जाता है जिसमें उनकी खोज की गई थी, इसके लिए अक्षरों और संख्याओं की एक प्रणाली का उपयोग किया जाता है। 
उदाहरण के लिए, HindIII (उच्चारण “हिंडी-थ्री”) की खोज हीमोफिलस इन्फ्लुएंजा (स्ट्रेन d) में हुई थी। रोमन अंकों का उपयोग उन बैक्टीरिया से विशिष्ट एंजाइमों की पहचान करने के लिए किया जाता है जिनमें कई प्रतिबंध एंजाइम होते हैं, जो एक विशेष स्ट्रेन में प्रतिबंध एंजाइमों की खोज के क्रम को दर्शाते हैं।
प्रतिबंध एंडोन्यूक्लियेस का वर्गीकरण:-  मान्यता प्राप्त अनुक्रमों के प्रकार, डीएनए में किए गए कट की प्रकृति और एंजाइम संरचना के आधार पर प्रतिबंध एंडोन्यूक्लियेस के तीन प्रमुख वर्ग हैं।
ए. टाइप I प्रतिबंध एंजाइम
बी. टाइप II प्रतिबंध एंजाइम
सी. टाइप III प्रतिबंध एंजाइम
ए. टाइप I प्रतिबंध एंजाइम:-
इन एंजाइमों में प्रतिबंध और संशोधन दोनों प्रकार की गतिविधियाँ होती हैं। प्रतिबंध लक्ष्य डीएनए की मिथाइलेशन स्थिति पर निर्भर करता है।
> विखंडन पहचान स्थल से लगभग 1000 बीपी की दूरी पर होता है।
> पहचान स्थल असममित होता है और दो विशिष्ट भागों से बना होता है, जिसमें एक भाग में 3-4 न्यूक्लियोटाइड होते हैं जबकि दूसरे भाग में 4-5 न्यूक्लियोटाइड होते हैं और दोनों भाग लगभग 6-8 न्यूक्लियोटाइड के एक गैर-विशिष्ट स्पेसर द्वारा अलग किए जाते हैं।
> इनकी सक्रियता के लिए एस-एडेनोसिलमेथियोनिन (एसएएम), एटीपी और मैग्नीशियम आयनों (एमजी2+) की आवश्यकता होती है।
ये एंजाइम मुख्य रूप से तीन उपइकाइयों से बने होते हैं: एक विशिष्टता उपइकाई जो डीएनए पहचान स्थल को निर्धारित करती है, एक प्रतिबंध उपइकाई और एक संशोधन उपइकाई।
उदाहरण  :-  EcoB, EcoK
बी. टाइप II प्रतिबंध एंजाइम:-
प्रतिबंध और संशोधन अलग-अलग एंजाइमों द्वारा नियंत्रित होते हैं, इसलिए संशोधन के बिना भी डीएनए को विखंडित करना संभव है। हालांकि दोनों एंजाइम एक ही लक्ष्य अनुक्रम को पहचानते हैं, फिर भी उन्हें एक दूसरे से अलग-अलग शुद्ध किया जा सकता है।
> न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम का विखंडन प्रतिबंध स्थल पर होता है।
इन एंजाइमों का उपयोग घूर्णी रूप से सममित अनुक्रम को पहचानने के लिए किया जाता है, जिसे अक्सर पैलिंड्रोमिक अनुक्रम कहा जाता है।
ये पैलिंड्रोमिक बंधन स्थल या तो बाधित हो सकते हैं (उदाहरण के लिए BstEII अनुक्रम 5´-GGTNACC-3´ को पहचानता है, जहाँ N कोई भी न्यूक्लियोटाइड हो सकता है) या निरंतर (उदाहरण के लिए KpnI अनुक्रम 5´-GGTACC-3´ को पहचानता है)।
> उन्हें सहकारक के रूप में केवल Mg2+ की आवश्यकता होती है और उनकी गतिविधि के लिए ATP की आवश्यकता नहीं होती है।
टाइप II एंडोन्यूक्लियेस का उपयोग इन विट्रो में डीएनए की मैपिंग और पुनर्निर्माण के लिए व्यापक रूप से किया जाता है क्योंकि वे विशिष्ट स्थलों को पहचानते हैं और केवल इन्हीं स्थलों पर विखंडन करते हैं।
उदाहरण  :-  EcoR I, BamH I
सी. टाइप III प्रतिबंध एंजाइम:-
ये एंजाइम एक ही डीएनए अनुक्रम को पहचानते और मिथाइलेट करते हैं, लेकिन 24-26 बीपी दूर से काटते हैं।
इनमें दो अलग-अलग उपइकाइयाँ होती हैं, जिनमें से एक उपइकाई (एम) डीएनए अनुक्रम की पहचान और संशोधन के लिए जिम्मेदार होती है और दूसरी उपइकाई (आर) में नाभिकीय क्रिया होती है।
डीएनए के विखंडन के लिए Mg+2 आयनों और ATP की आवश्यकता होती है और विखंडन की प्रक्रिया SAM द्वारा उत्तेजित होती है।
केवल एक ही स्ट्रैंड को विभाजित करें। डीएनए डुप्लेक्स को तोड़ने के लिए विपरीत दिशा में स्थित दो पहचान स्थलों का होना आवश्यक है।
उदाहरण  :-  इकोपी I, हिन्फ III
अनुप्रयोग:-  आनुवंशिक अभियांत्रिकी से संबंधित विभिन्न अनुप्रयोगों में डीएनए को इन उपकरणों का उपयोग करके विखंडित किया जाता है।
प्रतिबंधित एंजाइम।
i. जीन क्लोनिंग और प्रोटीन अभिव्यक्ति प्रयोगों के दौरान प्लास्मिड वैक्टर में जीन डालने की प्रक्रिया में इनका उपयोग किया जाता है।
ii. जीन एलील्स को अलग करने के लिए रिस्ट्रिक्शन एंजाइमों का भी उपयोग किया जा सकता है, जो डीएनए में एकल न्यूक्लियोटाइड पॉलीमॉर्फिज्म (एसएनपी) के रूप में जाने जाने वाले एकल बेस परिवर्तनों को विशेष रूप से पहचानते हैं। यह तभी संभव है जब उत्परिवर्तन एलील में मौजूद रिस्ट्रिक्शन साइट को बदल दे।
iii. किसी विशेष प्रजाति के व्यक्तियों या उपभेदों की पहचान करने के लिए प्रतिबंध खंड लंबाई बहुरूपता (आरएफएलपी) विश्लेषण हेतु प्रतिबंध एंजाइमों का उपयोग किया जाता है।

Indirect Gene Transfer:- When stable transformation is achieved by incorporating genes into the genome of plant cells with the help of a biological factor, it is called indirect gene transfer. Agrobacterium bacterium is used in this.

Agrobacterium mediated Gene Transfer:-

  Agrobacterium is a gram -ve bacterium found in soil around plant roots.

  Two species of Agrobacterium bacteria cause diseases in dicot plants:-

i. Agrobacterium tumefaciens

ii. Agrobacterium rhizogenes

i. Agrobacterium tumefaciens:- It causes Crown gall disease in angiosperm plants. Ti-plasmid is found in it.

ii. Agrobacterium rhizogenes:- It cause hairy root disease in angiosperm plants. Ri - plasmid is found in it.

  Recombinant DNA is made by incorporating the desired gene into the T - DNA portion of the Ti plasmid. Which are transferred to Agrobacterium cell.

  Now cut round pieces of sterilized leaf.

  Now incubate these pieces with Agrobacterium overnight.

  Now kept these pieces in Shooting medium for 2 days.

  Now add Kanamycin and Carbenicillin in this shooting medium and cultured for 3-4 weeks.

  Now transfer this to the rooting medium, add Kanamycin and Carbenicilin, culture it for 3-4 weeks.

  Now establish this plant in a pot in green house.

  After a few days, establish the plant in the soil of the field.

Mechanism of Gene Transfer:-

  The T - DNA portion of the Ti - plasmid has the property that it can integrate into the plant's genome.

  Leaf pieces release the Aceto - Syringine chemical that activates the Vir - Operon of T - DNA.

  Once activated, the T-DNA portion separates from the plasmid and enters into many plant cells.

  Now this T-DNA integrates into the genome by going into the nucleus.

  This results in stable transformation of the plant.

पौधों में जीन स्थानांतरण, कृषि जीवाणु द्वारा जीन स्थानांतरण। क्राउन गॉल रोग, ट्यूमर उत्पन्न करने वाला सिद्धांत और टीआई प्लास्मिड, पादप कोशिकाओं में टी-डीएनए का समावेश।
अप्रत्यक्ष  जीन  स्थानांतरण :-  जब किसी जैविक कारक की सहायता से पादप कोशिकाओं के जीनोम में जीन को शामिल करके स्थायी रूपांतरण प्राप्त किया जाता है, तो इसे अप्रत्यक्ष जीन स्थानांतरण कहते हैं। इसमें एग्रोबैक्टीरियम बैक्टीरिया का उपयोग किया जाता है।

एग्रोबैक्टीरियम द्वारा मध्यस्थता से जीन स्थानांतरण:-

   एग्रोबैक्टीरियम एक ग्राम-ऋणात्मक जीवाणु है जो पौधों की जड़ों के आसपास की मिट्टी में पाया जाता है।

   एग्रोबैक्टीरियम बैक्टीरिया की दो प्रजातियाँ द्विबीजपत्री पौधों में रोग उत्पन्न करती हैं:-

i. एग्रोबैक्टीरियम ट्यूमेफेशियंस 

ii. एग्रोबैक्टीरियम राइजोजेन्स 

i.  एग्रोबैक्टीरियम ट्यूमेफेशियंस :-  यह एंजियोस्पर्म पौधों में क्राउन गॉल रोग का कारण बनता है। इसमें टीआई-प्लास्मिड पाया जाता है।

ii.  एग्रोबैक्टीरियम राइजोजेन्स :-  यह एंजियोस्पर्म पौधों में रोएंदार जड़ रोग का कारण बनता है। इसमें Ri-प्लाज्मिड पाया जाता है।

   वांछित जीन को Ti प्लास्मिड के T-DNA भाग में शामिल करके पुनर्संयोजित DNA बनाया जाता है। इन्हें एग्रोबैक्टीरियम कोशिका में स्थानांतरित किया जाता है।

   अब रोगाणुरहित पत्तों के गोल टुकड़े काट लें।

   अब इन टुकड़ों को एग्रोबैक्टीरियम के साथ रात भर इनक्यूबेट करें।

   अब इन टुकड़ों को दो दिनों के लिए शूटिंग मीडियम में रखा गया।

   अब इस शूटिंग मीडियम में कैनामाइसिन और कार्बेनिकिलिन मिलाएं और 3-4 सप्ताह तक कल्चर करें।

   अब इसे रूटिंग मीडियम में स्थानांतरित करें, इसमें कैनामाइसिन और कार्बेनिसिलिन मिलाएं और इसे 3-4 सप्ताह तक कल्चर करें।

•   अब इस पौधे को ग्रीनहाउस में एक गमले में लगा दें।

   कुछ दिनों बाद, पौधे को खेत की मिट्टी में लगा दें।

जीन स्थानांतरण की प्रक्रिया:-

   टीआई-प्लास्मिड के टी-डीएनए भाग में यह गुण होता है कि यह पौधे के जीनोम में एकीकृत हो सकता है।

   पत्ती के टुकड़े एसिटो-सिरिंगिन नामक रसायन छोड़ते हैं जो टी-डीएनए के विर-ऑपेरॉन को सक्रिय करता है।

   सक्रिय होने के बाद, टी-डीएनए भाग प्लास्मिड से अलग हो जाता है और कई पादप कोशिकाओं में प्रवेश कर जाता है।

•   अब यह टी-डीएनए केंद्रक में जाकर जीनोम में एकीकृत हो जाता है।

   इसके परिणामस्वरूप पौधे का स्थिर रूपांतरण होता है।

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